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本庁
農地管理課
農地行政の企画や総合調整、人事や予算、経理、工事請負並びに測量、調査、設計委託の入札や契約、農地等の利用関係の和解の仲介、転用等、国有農地等の管理処分、債権管理等、農業農村整備事業の総合調整、設計及び積算、情報処理システムの設計及び運用、検査に関する事項などを担当しています。
農地計画課
農業農村整備事業の事業計画、土地改良区の助言指導、国営改良事業との調整、農業水利に関する調整などを担当しています。
農地建設課
農業用の用排水路やため池などの整備事業を担当しています。また、大規模なダム、排水機場の維持管理や防災・減災復旧事業に関する業務も担当しています。
農地整備課
ほ場整備事業、農業整備事業の実施や換地に関する業務を担当しています。また、市町村、土地改良区等が実施する県単農業農村整備事業や農地耕作条件事業等についても担当しています。
農村環境課
中山間地域の生産基盤整備、棚田の保全、多面的機能支払交付金、農村生活環境の整備、地籍調査などを担当しています。